ＥＴＦでは、まず、ＥＴＦの組成を行なう「投資信託委託業者」（いわゆる運用会社）が、株券を大量に保有するような機関投資家や「指定参加者」と呼ばれる証券会社から、特定の指数（TOPIX、日経株価指数300、日経平均株価など）に連動するような「ユニット化された現物株式」（その指数の構成に近似した株式ポートフォリオ）を集めて、そのかわりに「当該株価指数連動型投資信託の受益証券（以下、「ＥＴＦ受益証券」）を発行します。これでＥＴＦが設定されることになります。ＥＴＦにおいて設定日とは、このＥＴＦ受益証券が最初に発行された日となります。したがって、証券取引所に初めてＥＴＦが上場された日である上場日と設定日は異なります。ＥＴＦ受益証券が最初に発行された翌営業日に、ＥＴＦは証券取引所に上場されるのが一般的です。

また、指定参加者や機関投資家は、現物を出資してＥＴＦ受益証券を得るのと同様に、運用会社との間で、ＥＴＦ受益証券を現物の株式ポートフォリオに換えることも可能です。これを「交換」と呼びます。この設定と交換は、ＥＴＦが上場した後にも行なわれるため、各ＥＴＦの上場口数はこれを反映して変動し、それによってＥＴＦの信託財産は増減します。

したがって、現物出資型のＥＴＦにおいては、当該投資信託の購入や売却に伴う株式と現金とのやりとりは、ファンドの中では基本的には（指数との連動性の維持のための売買は行われますが）行なわれません。行なわれるのは、委託業者である運用会社と機関投資家ならびに指定参加者の間の「ＥＴＦ受益証券」と「ユニット化された現物株式」との設定と交換のみということになります。この結果、現物出資型のＥＴＦは、従来の投資信託とは異なり、市場で株式を取引する際にかかるコストを大幅に低減することができ、したがって、ＥＴＦの信託報酬もまた、非常に低く抑えることが可能となったのです。

設定によって発行された「ＥＴＦ受益証券」が証券取引所に上場されることによって、一般の個人投資家を含めた市場参加者がＥＴＦを取り引きできるようになります。投資家は、通常の株式のように、取引所を通じてＥＴＦの売買を行ないます。信託銀行は、運用会社との間で信託契約を結び、受託者として委託会社の指図に基づいて信託財産の管理・処分、信託財産の計算等を行ないます。